Junior fue el primer subcampeón del fútbol profesional colombiano. En 1948 el sistema del campeonato fue de 18 jornadas y el título lo obtenía el que hiciera más puntos. Santa Fe fue primero con 27 puntos, Junior fue segundo con 23.
El segundo subtítulo para Junior fue en 1970. Volvió a ser un torneo largo, que dominó Santa Fe con 74 puntos y Junior hizo 70.
En 1983, Junior conformó una nómina con importantes jugadores argentinos como Jorge ‘el Indio’ Solari, Babington, Edgardo Bauza entre otros. Pese a estos nombre no pudo sumar una estrella.
De la mano de Norberto Peluffo, Junior sumó su cuarto subtítulo. En 2003, Junior disputó la final con Once Caldas y la perdió (1-0 resultado global).
En 2009, Junior volvió perder la final con el Caldas. En 2014 y 2015 cayó ante Nacional en penales.
El primer subcampeón de colombia (1948)
De izquierda a derecha: Memuerde García, F. Berdugo, L. Martínez, C. Rodríguez, L. de León, G. Vigorón, J. Quintero. M. Marriaga. Abajo. D. Ojeda, O. Ruiz, E. Gutiérrez, O. Carrillo, A. Mendoza, l Gastelbondo y C. Guerra. DT: Roberto Meléndez.
En 1970 otra vez superado por Santa Fe
De izquierda a derecha : E. Álvarez, P. Vásquez, H. Solís. H. Segrera. C. Peña, E Castillo. Abajo. M. Moreno, A. Segovia, A. Salazar. A. Miranda y A. Solano. DT: Luis Alberto Miloc.
En 1983, por la bonifación no se pudo
De izquierda a derecha: D. Miranda, E. Bauza, P. Blanco, O. Galván, D. Carnevalli y G.. Mendoza. Abajo. T. Salja, F. Fiorillo, J. Barrios, C. Babington y W. Knigth. DT: Jorge Solari.
En el 2000, a un punto del título
De izquierda a derecha: O. Restrepo. A. Julio, F. Merlano, B. Aguilar, E. Palacios y W. Cano. L. Henry, H. Palacio, F. Mosquera, E. Arriaga y G. Torres. DT: Norberto Peluffo.
En Manizales batalló, pero cayó (2003)
De izquierda a derecha aparecen: M. Patiño, L. Henry. E. Salas, J. Flórez, R. Peñaloza. E. Zapata y M. Arzuaga. Abajo. J. Amaya, L. Rolong, E. Arriaga y Marquinho. DT: Dragan Miranovic.
En el 2009 no se pudo remontar en casa
De izquierda a derecha: T. Gutiérrez. L. Ruiz. C. Ceballos, J. Valencia. A. Berbia. Abajo. J. Flórez, G. Hernández, J. Jaramillo. E. Acuña, H. Palacio y R. Cortés. DT: Julio Comesaña.
Se perdió el título en penales (2014)
De izquierda a derecha aparecen : J. Gómez, J. Aguirre, J. Vásquez, S. Vanegas. S. Viera, L. Narváez, W. Tesillo, E. Toloza, G. Celis. J. Domínguez y C. Fawcett. DT: Julio Comesaña.
