Giovanni Hernández es indiscutible como ídolo de Junior. Su paso por el conjunto rojiblanco, de 2008 a 2012, fue exitoso. Con su calidad como volante creativo ayudó a bordar dos estrellas en el escudo (2010 y 2011).
De su mano, de la de Julio Avelino Comesaña y Teófilo Gutiérrez, entre otros, los tiburones se salvaron de las garras del descenso en esa misma temporada en la que llegó.
Con su fútbol y liderazgo se volvió un símbolo del equipo y logró dejar una huella imborrable en la historia juniorista.
Completó tres finales de Liga como tiburón (la primera en 2009 que se perdió ante Once Caldas en el estadio Metropolitano) y logró dar la vueltas olímpicas.
En la de 2010, con Diego Umaña como entrenador, Giovanni fue vital junto a Carlos Bacca, Víctor Cortés, Luis Carlos Ruiz y el panameño Román Torres, entre otros.
En 2011, ya bajo el mando de José Eugenio 'Cheché' Hernández, el mediocampista caleño volvió a brillar en el tramo final del campeonato (durante el torneo regular vivió altibajos) y fue fundamental en la histórica serie de semifinal ante Millonarios, en la cual marcó un golazo.
No gustó la manera en que se marchó del equipo rumbo al DIM. No consiguió renovar contrato como aspiraba y lanzó una frase que hizo carrera y que muchos hinchas consideraron ofensiva. 'Gaseosa mata tinto', dijo haciendo alusión que el cuadro rojo de la montaña le daba un mejor vínculo laboral, con mayor salario y más años.
No obstante, ese episodio no alcanza a desdibujar la gran imagen que plasmó como un artista del balón en el lienzo verde del estadio Roberto Meléndez.
Como entrenador ya es otra historia que apenas está escribiendo. En su breve trayectoria en ese rol acumula dos equipos: Uniautónoma, al que no pudo salvar del descenso, y Real Cartagena, al que deja octavo en la tabla actual del torneo de la B. No tiene una amplia experiencia como tal.