El Consejo de Estado  aclara que el Código Electoral adoptado por medio del decreto 2241 de 15 de julio de 1986, fija claras etapas e instancias en cuanto a la forma y las autoridades que deben ocuparse de practicar los escrutinios en las elecciones por votación popular. Así, el artículo 142 (Mod. Ley 6ª/90 Art. 12) determina que el primer escrutinio está a cargo de los jurados de votación, quienes están autorizados a recibir reclamaciones escritas para que ulteriormente sean decididas en los escrutinios (Art. 122). El artículo 163 regula, en parte, el escrutinio a cargo de las comisiones escrutadoras distritales, municipales y auxiliares, en el último caso para las circunscripciones electorales que por su tamaño deben zonificarse.

Dentro de las múltiples tareas que las comisiones cumplen está la de verificar el estado de los documentos electorales y si encuentran tachaduras, enmendaduras o borrones, proceder al recuento de los votos, lo cual impide que se pueda practicar otro recuento sobre la misma mesa; si no se presenta ninguna de las situaciones anteriores el escrutinio se practica con base en las actas; tienen que atender las reclamaciones que les formulen; sus decisiones son apelables y los desacuerdos de sus miembros son resueltos por su superior funcional, quien culmina los escrutinios y declara la elección; y, si no se presenta nada de lo anterior, deben declarar la elección. Los artículos 180 y el código electoral regulan los escrutinios generales que realizan los delegados del CNE, quienes integran las comisiones escrutadoras departamentales, los cuales se rigen por reglas similares a las mencionadas en el párrafo anterior. Es decir, que practican los escrutinios del departamento y declaran la elección de las autoridades del mismo orden, en esta instancia “solo procederá el recuento de los votos emitidos en una mesa, cuando la comisión escrutadora distrital o municipal respectiva se hubiere negado a hacerlo, su decisión hubiere sido apelada oportunamente y los Delegados del Consejo Nacional Electoral hallaren fundada la apelación.”.

Y, por último, están los escrutinios del orden nacional asignados al CNE, a quien le corresponde, además, actuar como segunda instancia frente a las decisiones impugnadas o los desacuerdos de sus delegados y declarar las elecciones del orden departamental en estos casos, y por supuesto, hacer la declaración de elección de los funcionarios del orden nacional, como sería el caso de la fórmula presidencial y los senadores de la República, entre otros. Los escrutinios están regidos por el principio de preclusión o eventualidad.