Berlusconi había dejado el fútbol en abril de 2017, cuando vendió el Milan al empresario chino Yonghong Li por más de 700 millones de euros.
Luigi Di Magio lograba el 32% de los votos.
La investigación fue abierta después de que la policía grabara en 2016 las conversaciones secretas en la cárcel de un jefe de la mafia.
El máximo representante rossonero dejará al Milan tras 30 años de presidencia.
Berlusconi, de 79 años, ha regresado a la escena pública después de superar otras cuentas pendientes que tenía con la Justicia.