Los tres barcos cubrían la ruta de 20 minutos entre la ciudad portuaria de Iloílo y la isla de Guimarás.
Cerca de 145 personas fueron rescatadas con vida tras el naufragio, y se teme que 110 estén desaparecidas, según la Organización Internacional de Migraciones (OIM).
El barco zarpó 'clandestinamente' la noche del martes desde el estado Sucre en Venezuela, con destino a Trinidad y Tobago.
La emergencia se presentó cuando la embarcación Elizabeth Julieth, que se dirigía a Taganga, sufrió una avería en uno de los motores.
Autoridades investigan causas del accidente pero se presume que podría ser la sobrecarga por cuanto la embarcación transportaba además mercancía.