Junior 1, Flamengo 2. 29 de marzo de 1984, estadio Romelio Martínez. Primera fase de la Libertadores. Edmar y Tita anotaron para los visitantes. Omar Alfredo Galván descontó.
Junior 0, Santos 3. 3 de abril de 1984, en el estadio Romelio Martínez. Primera fase de la Copa Libertadores. Lino, Toninho Carlos y Enéias marcaron las dianas victoriosas.
Junior 2, A. Mineiro 2. 19 de agosto de 1992, en el ‘Metro’. Cuartos de la Copa Conmebol. Héctor Méndez y Javier Ferreira anotaron para Junior. Ailton marcó para los brasileños.
Junior 1, Inter 1. 10 de noviembre de 2004, en el Metropolitano. Cuartos de final Copa Sudamericana. Edinho y Martín Arzuaga marcaron los tantos del encuentro copero.
Junior 2, Gremio 1. 24 de febrero de 2011, en el ‘Coloso de la Ciudadela’. Fase de grupos de la Libertadores. Giovanni Hernández y John Viáfara anotaron. Borges descontó.
Junior 1, Chapecoense 0. 19 de octubre de 2016, en el ‘Metro’. Cuartos de final de Copa Sudamericana. El soledeño Léiner Escalante anotó el único gol del encuentro.
Junior 0, Sport Recife 0. 3 de noviembre de 2017, en el ‘Metro’. Cuartos de final de la Copa Sudamericana. ‘El Tiburón’ había ganado 2-0 en el juego de ida en Brasil.
Junior 0, Flamengo 2. 1 de diciembre de 2017, en el ‘Metro’. Semifinal de la Copa Sudamericana. Felipe Vizeu marcó los dos goles de la victoria carioca para eliminar al ‘Tiburón’.
Junior 0, Palmeiras 3. 1 de marzo de 2018, en el ‘Coloso de la Ciudadela’. Fase de grupos de la Copa Libertadores. Doblete de Bruno Henrique y otro tanto de Miguel Ángel Borja.
Junior 1, A. Paranaense 1. 5 de diciembre de 2018, en el Metropolitano. Final de la Copa Sudamericana. Pablo abrió la cuenta para el visitante y Yony González logró la igualdad.
Junior 0, Palmeiras 2. 6 de marzo de 2019, en el Roberto Meléndez. Fase de grupos de la Copa Libertadores. Scarpa y Rocha anotaron los goles. Teo Gutiérrez fue expulsado.
Los 11 partidos de Junior ante brasileños por torneos Conmebol
Resumen de los 11 partidos de Junior ante brasileños por torneos Conmebol.